Taman Nasional Bunaken merupakan perwakilan ekosistem perairan tropis Indonesia yang terdiri dari ekosistem hutan bakau, padang lamun, terumbu karang, dan ekosistem daratan/pesisir.

Pada bagian Utara terdiri dari pulau Bunaken, pulau Manado Tua, pulau Montehage, pulau Siladen, pulau Nain, pulau Nain Kecil, dan sebagian wilayah pesisir Tanjung Pisok. Sedangkan pada bagian Selatan meliputi sebagian pesisir Tanjung Kelapa.

      Potensi daratan pulau-pulau taman nasional ini kaya dengan jenis palem, sagu, woka, silar dan kelapa. Jenis satwa yang ada di daratan dan pesisir antara lain kera hitam Sulawesi (Macaca nigra nigra), rusa (Cervus timorensis russa), dan kuskus (Ailurops ursinus ursinus).

Jenis tumbuhan di hutan bakau Taman Nasional Bunaken yaitu Rhizophora sp., Sonneratia sp., Lumnitzera sp., dan Bruguiera sp. Hutan ini kaya dengan berbagai jenis kepiting, udang, moluska dan berbagai jenis burung laut seperti camar, bangau, dara laut, dan cangak laut.

Sumber  : http://www.dephut.go.id